据教育部公布的本专科专业就业状况显示，生物医学工程专业的就业率区间处于B+阶段，毕业生规模4000-5000人，该专业的平均就业率≥85%。
一般来说，生物医学工程专业的同学本科毕业后有几个方向：一是读研究生继续深造。如果想在这一领域搞科研，或有更深入的发展就要继续深造。撇开别的不说，进大学和科研院所的门槛基本都是博士，本科阶段的学习只是个基础。二是进入国家医疗器械司及各级医疗器械检测所。第三，各级医院的医学工程处、设备处、信息中心以及医学影像科也是毕业生非常愿意去的地方。这些地方工作稳定大多属于事业单位，竞争压力也是比较大的。第四，去各大跨国以及国内医疗器械企业，比如GE、SIEMENS、PHILIPS、MEDTRONIC、MAQUET、迈瑞、安科、鱼跃等也是非常不错的选择。另外，就是各类医疗器械代理公司。
MAQUET公司医学工程师朱先生说：“我国的生物医学工程产业还没发展起来，这个专业的本科生想搞研发是比较难的，很多同学都去考研了。毕业后如果想进入大学、医院、检验科、设备科或实验室都需要更高的学历。这个专业男生找工作相对好一点，本科毕业之后锻炼几年，很多人可以进公司做工程师。在外地月薪大概3000元，北京、上海大概4000元-5000元左右，工作时间越长越吃香。但前提是要有一定的经验和技术。”
朱先生表示，国外设备的大量引进，客观上提高了对医学工程人才的要求。可以预见，未来的医学工程师已不仅仅停留在器械安装、调试等方面，越来越多的客户需要工程人员是“复合型”人才，能带给他们更多的增值服务。所以，外语优秀、操作基本功扎实、理论更新速度快的人才，才是未来市场需求的主体。
生物医学工程专业就业方向：
一是读研究生继续深造。如果想在这一领域搞科研，或有更深入的发展就要继续深造。撇开别的不说，进大学和科研院所的门槛基本都是博士，本科阶段的学习只是个基础。
二是进入国家医疗器械司及各级医疗器械检测所。
三各级医院的医学工程处、设备处、信息中心以及医学影像科也是毕业生非常愿意去的地方。这些地方工作稳定大多属于事业单位，竞争压力也是比较大的。
四去各大跨国以及国内医疗器械企业，比如GE、SIEMENS、PHILIPS、MEDTRONIC、MAQUET、迈瑞、安科、鱼跃等也是非常不错的选择。另外，就是各类医疗器械代理公司。
