根据党的十七大和十六届三中、五中、六中全会精神，为完善社会保障体系，保证事业单位改革顺利进行，促进人员流动，保障退休人员基本生活，制定了事业单位养老金改革方案的主要目标。
(一)把改革的背景确定为财政不堪重负
我们国家人口基数大，所以与其相配套的事业单位的数量和工作人员的数量就会大，财政支出肯定就是一个很大的数额。与世界其他国家的公务人员的养老金支出相比，我们国家养老金支出所占GDP 的百分比并不高。况且，在我国深入学习与践行科学发展观的重要时期，即使压缩财政开支，也是从科学管理的角度出发，减少不必要的行政事业单位的开支和浪费，加大监管与监督的力度，逐渐减少不合理的财政支出，而不是通过降低退休人员应得的待遇来实现。所以，对于事业单位养老保险制度的改革，并不是在财政不堪重负的背景下进行的，目标不是减轻财政的负担，而是建立适应市场经济发展原则、责任分配更加合理、有利于养老保障事业可持续地、良性发展的统一的养老保障制度体系。
(二)把制度统一理解为通过降低事业单位待遇达到待遇统一
目前，事业单位与企业单位由于执行不同的养老保险制度，养老待遇确实存在相当大的差距，这是我们不能回避的事实，关键是怎么来合理地缩小这种差距。社会保障需要遵循的一个根本的原则就是刚性原则，保障的水平只能不断提高，而不能降低，起码不能大幅度的降低，而且社会保障发展的战略目标是不但要保障人的生活，还要保障人的发展，不断提高保障的水平与层次。所以，我们主要是通过不断提高企业的养老待遇水平，把企、事业养老待遇的差距控制在合理的范围之内，而不是把事业单位的待遇拉下来同甘共苦。
当然，由于过去体制的惯性影响，这种差距的缩小不是一朝一夕的事情，需要跟随我国经济的不断发展渐进地实现。养老方案中提出要建立企、事业统一的养老保障制度只是强调参照企业单位养老保险制度的设计，从制度上达到基本一致，实现两种制度的衔接，例如在缴费制度上，由单位和个人共同承担，养老待遇与缴费相关连;在替代率上可以逐步缩小与企业的差距;缴费比例上可以参照企业的设定，在补充养老保险上，企业设立企业年金，事业单位可以参照设立职业年金等等。特别是职业年金的弹性设立，既可以有效弥补替代率的偏低，又可以体现效率。因此，不管从各个角度出发，改革都不会而且不应大幅度降低事业单位的养老保险待遇，即使有小幅度的下降也是暂时的，必定会随着养老保障制度的完善和我国经济水平的提高而不断提高。
(三)把公务员排除在改革的对象之外加深了误解
这次改革的对象明确界定为公益性事业单位，不包括行政性事业单位，也就是意味着改革所触及的对象基本上是以教师和医生为主的，行政事业单位的公务员却被排除在外。在人们的认识中，政府的公务员与各类公益性的事业单位人员构成的属性和水平很相似，待遇水平相近，从事的都是公益性事业，两者之间的人员流动非常频繁，所以二者是“血缘相近的双胞胎”，是很难分割开的。但在这次改革中单把一般事业单位拿出来开刀，作为改革决策的制定与执行者的公务员自己却没有出来试水。就像不同科室的两个医生，一个医生不经对方同意就拿另外一个医生，而不是在自己身上做医学实验，不得不让人怀疑实验结果的副作用。所以我们避开公平性不说，仅从利益触及这一方面，又一次加重了人们对待遇降低的误解。“如果不是降低待遇，不会损害改革对象的利益，为什么不敢拿自己开刀?”，这是放在人们嘴边的话，所以对目标的误解也在情理之中。
实际上，改革之所以把公益性事业单位的职工作为对象的根本原因在于他们占据了所有事业单位人数的大部分，数量远远超过公务员，把他们作为改革对象基本上可以代表整个事业单位群体。如果改革的社会效果是优良的，改革是成功的，便可以自然的推向公务员，就像水利工程一样，主道通了，小道水到渠成。
