2004年，国家税务总局颁布国税发[2004]16号和国税发[2004]80号两个文件，取消了对外籍个人取得上述补贴收入免征个人所得税的审批的后续管理。取消上述核准后，外籍个人取得上述补贴收入，在申报缴纳或代扣代缴个人所得税时，应按54号文件的规定提供有关有效凭证及证明资料。同时，主管税务机关应按照54号文件的要求，就纳税人或代扣代缴义务人申报的有关补贴收入逐项审核。对于不能证明其免税补贴合理性的外籍人员，主管税务机关应要求纳税人或代扣代缴义务人应在限定的时间内重新提供证明材料。凡未能提供有效凭证及证明资料的补贴收入，主管税务机关有权给予纳税调整。
取消审批后，各地税务机关逐步加强了后续的监督和管理。对于实施外籍个人免税补贴的企业，了解主管税务机关监督和管理的要点尤为重要。若费用的发生不真实合理‚或者缺乏相关证明资料，主管税务机关就会对已免税的部分进行纳税调整并加收滞纳金。
据我们的观察，企业在实际操作层面应遵循如下原则：
一是真实性原则，一般来讲，免税补贴必须是真实发生的费用，且是符合某个外籍员工实际情况的(如其房租不会远远超过其居住的某个区域的平均房租)。
二是合理性原则，54号文件中提及就上述补贴合理的部分可给予免税，但是并未对“合理的部分”作出具体规定。据我们的经验，税务机关一般会接受免税补贴总额占基本年工资(不含奖金和其他一次性收入)的比例最高不超过30%至50%。同一企业中不同的外籍员工免税补贴的比例，可依据其实际情况而有所不同。在计算免税补贴额度时，应将企业直接支付的房租和子女教育费等同外籍员工实报实销的探亲费、伙食费等相加总来衡量。免税补贴的比例最终应由主管税务机关进行确认。
三是相关性原则，即实际发生的相关费用是与54号文件中规定的免税补贴直接密切相关的，如房租补贴可以免税，但是企业代为支付的水、电、煤气和网络费用则不能免税;如可以免税的探亲费用仅限于外籍员工本人的往返于我国的受雇地与其家庭所在地(包括配偶或父母居住地)之间搭乘交通工具且每年不超过2次的费用，所以外籍员工一年超过两次的探亲费用和其家属的探亲费用不可以免税。并且免税部分仅限于交通费用(如往返于机场的出租车费和机票费用)，酒店住宿费用则不含在内。再比如，餐饮费用只限于餐厅开具的个人抬头的餐饮发票，对于由超市开具的食品名目的发票不可以作为免税依据。对于语言培训费和子女教育费也有相关的要求，在这里就不一一阐述了。
四是系统性原则，即有一套完善的报销制度和流程。外籍员工的雇佣或派遣合同(或合同附件)应写明除了基本工资、奖金之外，企业会提供相关的补贴。无这些条款，也就无从谈起去给外籍员工报销这些补贴。一套完善的报销制度还应包括：申请免税补贴的资格(持有国外永久居留权的中国人应排除在外)、外籍员工的权利和义务(如何规避员工提供假发票的情形)、免税额度、纳税调整的要求等。并且，需要企业财务部门的支持和配合，建立一整套报销流程，真正走报销之路。只有系统地建立了报销制度，才能在优化税收的同时规避风险。
五是完备性原则，即相关资料必须齐备。费用实际发生时，外籍员工应及时索要正规的、有加盖财务章的发票(而不是收据)。若是向个人房东索要房租发票，房东需要去税务机关缴纳5%营业税后才能由税务机关代为开具房租发票。企业亦应保留租房合同、语言培训合同和子女教育合同复印件，以及报销探亲费用时的出租车票、租车发票、电子机票和登机牌等，以备主管税务机关检查之用。
最后需要指出的是，我们了解到有些企业将上述费用作为免税补贴处理时，直接从员工当月工资里面进行抵扣，自行认定免税。这是非常不正确的操作方法。我们建议企业严格按照政策要求，制订相关的免税补贴规定，收集有效凭证及证明资料，及时与主管税务机关取得联系并做好备案工作，在符合54号文件要求的前提下正确实施免税补贴政策。
