不再保留国家卫生和计划生育委员会。不再设立国务院深化医药卫生体制改革领导小组办公室。
（六）组建退役军人事务部。将民政部的退役军人优抚安置职责，人力资源和社会保障部的军官转业安置职责，以及中央军委政治工作部、后勤保障部有关职责整合，组建退役军人事务部，作为国务院组成部门。
（七）组建应急管理部。将国家安全生产监督管理总局的职责，国务院办公厅的应急管理职责，公安部的消防管理职责，民政部的救灾职责，国土资源部的地质灾害防治、水利部的水旱灾害防治、农业部的草原防火、国家林业局的森林防火相关职责，中国地震局的震灾应急救援职责以及国家防汛抗旱总指挥部、国家减灾委员会、国务院抗震救灾指挥部、国家森林防火指挥部的职责整合，组建应急管理部，作为国务院组成部门。
中国地震局、国家煤矿安全监察局由应急管理部门管理。公安消防部队、武警森林部队转制后，与安全生产等应急救援队伍一并作为综合性常备应急骨干力量，由应急管理部管理。
不再保留国家安全生产监督管理总局。
（八）重新组建科学技术部。将科学技术部、国家外国专家局的职责整合，重新组建科学技术部，作为国务院组成部门。科学技术部对外保留国家外国专家局的牌子。
国家自然科学基金委员会改由科学技术部管理。
（九）重新组建司法部。将司法部和国务院法制办公室的职责整合，重新组建司法部，作为国务院组成部门。
（十）优化水利部职责。将国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。
不再保留国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室。
（十一）优化审计署职责。将国家发展和改革委员会的重大项目稽查、财政部的中央预算执行情况和其他财政收支情况的监督检查、国务院国有资产监督管理委员会的国有企业领导干部经济责任审计和国有重点大型企业监事会的职责划入审计署，构建统一高效审计监督体系。
不再设立国有重点大型企业监事会。
（十二）监察部并入新组建的国家监察委员会。国家预防腐败局并入国家监察委员会。
不再保留监察部、国家预防腐败局。
改革后，除国务院办公厅外，国务院设置组成部门26个：
1，中华人民共和国外交部
2，中华人民共和国国防部
3，中华人民共和国国家发展和改革委员会
4，中华人民共和国教育部
5，中华人民共和国科学技术部
6，中华人民共和
