牡丹江医学院有1个校区，牡丹江医学院本部。
牡丹江医学院是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科院校建设单位。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2013年获得硕士学位授予权。学校坐落在牡丹江，占地面积77万平方米，建筑面积34.1万平方米，教学科研仪器设备总值1.38亿元，资产总值6.08亿元。
牡丹江医学院：
牡丹江市爱民区通乡街3号，截至8月，学校占地面积77万平方米，建筑面积34.7万平方米，学校图书馆馆藏文献130万册，教学科研仪器设备总值2亿元，资产总值8亿元。开设20个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类。有教职工2901人，其中具有副高级以上职称510多人。
院系设置
| 基础医学院 | 临床医学院 | 医学影像学院 |
| 药学院 | 公共卫生学院 | 护理学院 |
| 卫生管理学院 | 成人教育学院 | 外语教学部 |
| 口腔医学院 | 体育教学部思想政治理论教学研究部 |
