南方医科大学比较好的专业有：
拥有3个国家重点学科（人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床），2个国家重点培育学科（病理学与病理生理学外科学（骨外）），5个国家中医药重点学科（中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学）。拥有10个广东省重点学科，1个教育部工程研究中心，1个教育部工程技术中心建设项目，2个省部共建重点实验室，13个广东省重点实验室，4个广东省教育厅重点实验室。国家重点学科分别布局在3个一级学科，省级重点学科覆盖24个二、三级学科。开设了26个本科专业，其中6个国家特色专业，6个广东省名牌专业。
学科建设：学科覆盖医学、理学、工学、文学、管理学、法学、经济学等7大学科门类。现有10个博士学位授权一级学科，6个博士后流动站，其中医学类博士学位授权一级学科数居广东省首位，在全国医科院校中排名第二。拥有5个国家重点及培育学科，临床医学、药理与毒理学进入ESI全球前1%学科行列。
人才培养：学校是国家13所试办八年制医学教育的高等院校之一，也是唯一一所开设八年制医学教育的独立医科院校，全国首批“卓越医生教育培养”试点高校，与20个国家和地区的51所大学、科研机构建立了友好合作关系。建校以来，先后为国家和军队培养各类医学人才6万多名，涌现了以两院院士、全国大学生年度人物、全国“十大法治人物”为代表的一大批先进典型。
